中医学院现有三个一级学科（1005中医学、1006中西医结合及1008中药学）,七个学位授权点：其中2个博士学位授权点(1006中西医结合一级学科博士学位授权点及1057中医学博士专业学位授权点)、3个一级学科硕士学位授权点（1005中医学一级学科硕士学位授权点、1006中西医结合一级学科硕士学位授权点、1008中药学一级学科硕士学位授权点）、2个二级学科硕士学位授权点（1057中医硕士专业学位授权点，1056中药硕士专业学位授权点），学科建设工作繁重，学位点众多，建设任务重大。

中医学学科（学科代码1005）为“十四五”自治区高等学校重点学科-特色学科创新工程建设学科，中西医结合学科（学科代码1006）作为新疆医科大学校级重点培育学科进行建设。1059*针推学位点作为新增学位点申报工作有序推进中。

中医学学科

新疆医科大学中医学学科1978年招收中医学专业本科生，1994年联合上海中医药大学招收中医学硕士研究生，2000年获批中医学二级学科硕士点，2010年获中医学硕士学位授权一级学科。2015年：获中医博士专业学位授权点；“中医学五年制本科人才培养模式改革项目”获批教育部首批卓越医生（中医）教育培养计划项目；接受教育部中医药高等教育教学指导委专业认证并以“完全认可”通过认证。2016年获新疆“十三五”重点学科（高原学科）。2019年获批自治区一流本科专业建设点。2020年获批国家级本科一流专业建设点。本学科始终聚焦新疆特高发疾病的基础和临床研究，为“健康新疆”贡献力量，并致力于服务地方经济社会发展。2022年获新疆“十四五”自治区高等学校重点学科---特色学科创新工程建设学科。

学科负责人：曾斌芳

中西医结合学科

新疆医科大学中西医结合学科是新疆医科大学自治区级两个高峰学科之一，现为新疆医科大学重点培育学科。2011年获批一级学科硕士点；2015年获批中医（民族医、中西医结合）博士专业学位授权点；2017年新增中西医结合一级学科博士学位授权点并获批成为新疆维吾尔自治区“十三五”重点学科-高峰学科；2018 年学位授权点顺利通过国务院学位办组织的学位点合格评估及专项评估；2019年获批中西医结合博士后流动站项目，2020年12月一人进站。2022年作为新疆医科大学校级重点培育学科进行建设。

学科负责人：安冬青

中药学学科

新疆医科大学中药学学科始建于1946年伊犁卫校；1985年成立新疆中医学院，招收第一批中药学专科学生；1998 年与新疆医学院合并成立了新疆医科大学，招收第一批中药学专业本科学生；2005 年获批中药学一级学科硕士学位授权点；2021年获自治区一流本科专业。

学科负责人：兰卫